肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向即肛瘘能转变成癌症。肛瘘合并肛门直肠癌的病例近年来不断增多。

肛瘘癌变以黏液腺癌占大多数。一般认为癌变与长期慢性炎症的刺激有关。硬结形成，黏液分泌及疼痛常为癌变的先兆，值得人们引起高度的重视。从大量的临床资料来看，导致肛瘘癌变的原因有以下几个方面：

（1）长期的慢性炎症刺激：长期的炎症存在，使得脓性物以及粪便从瘘管排出，从而刺激细胞异常增生，导致恶性病变；

（2）细菌感染：细菌长期存在于瘘管内，特别是绿脓杆菌或结核杆菌感染，缠绵不愈，可导致癌变；

（3）药物刺激：长期大量地使用各种局部外用药，经常刺激局部，导致癌变。总之，肛瘘应早诊断、早治疗、防止病久癌变。