1、疼痛：内口、外口及肛瘘管通畅时一般无疼痛。外口封闭，瘘管内分泌物引流不畅通，会引起疼痛，表现为直肠下部和肛门部灼热不适、有疼痛感。

2、瘙痒：由于脓液及排出物刺激，肛门部皮肤常感瘙痒。

3、排脓：肛门脓肿形成后，脓肿破溃或切开引流初期，脓液排出较多，多为黄色或灰白色浑浊液体，有恶臭。

4、硬结或疤痕：瘘管及内口反复刺激使纤维组织增生，使其管壁形成结缔组织。

5、全身症状：一般无全身症状，但是如果肛瘘范围较大、较深或支管较多，反复感染，则会导致便秘、排便困难以及消瘦、贫血等全身症状。