出现房间隔缺损的病因主要有以下几个方面，请看具体介绍：
一、原发孔型房间隔缺损
这又称部分心内膜垫缺损或房室管畸，形在胚胎发育过程中心内膜垫发育缺陷所致，形成一个半月形的大型房间隔缺损位，在冠状静脉窦的前下方缺损下缘邻近二尖瓣环常伴有二尖瓣裂。
二、继发孔型房间隔缺损
由于正常左右心房之间存在着压力阶差左房的氧合血经缺损分流至右房体循环血流量减少，可引起患儿发育迟缓，体力活动受到一定限制，部分患者亦可无明显症状，氧合血进入肺循环后，可引起肺小血管内膜增生，及中层肥厚等病变，导致肺动脉压及肺血管阻力升高，但其进程较缓慢多出现在成人患者。
三、遗传因素
约15%与遗传有关，特别是染色体易位chromosomaltranslocation与畸变三体综合征，trisomysyndrome;多数的先天性心脏病是由多个基因与环境因素相互作用所形成。
四、环境因素
宫内感染TORCH、放射线接触、代谢紊乱性疾病、缺氧、药物等。感染：妊娠前三个月患病毒或细菌感染，尤其是风疹病毒，其次是柯萨奇病毒，其出生的婴儿先天性心脏病的发病率较高。其它：如羊膜的病变，胎儿受压，妊娠早期先兆流产，母体营养不良、糖尿病、苯酮尿、高血钙，放射线和细胞毒性药物在妊娠早期的应用，母亲年龄过大等均有使胎儿发生先天性心脏病的可能。
五、其他因素
有些先天性心脏病在高原地区较多，有些先天性心脏病有显著的男女性别间发病差异，说明出生地海拔高度和性别也与本病的发生有关。在先天性心脏病患者中，能查到病因的是极少数，但加强对孕妇的保健，特别是在妊娠早期积极预防风疹、流感等风疹病毒性疾病和避免与发病有关的一切因素，对预防先天性心脏病具有积极意义。
