以预防为主，在受孕前，男女双方都应到医院做仔细的检查，包括生殖器检查及必要的化验。有条件的可做染色体检查，如能找到原因，针对原因进行治疗。已经妊娠者也要按照医生的指导针对原因进行不同的安胎处理。
如果曾经有过胎停育和自然流产史的，应该在下次怀孕前找到病因，以避免重蹈覆辙。应该用电化学发光法查内分泌和抗胚胎抗体；做阴道镜，动态数字化子宫输卵 管造影和阴道四维彩超。封闭抗体和抗胚胎抗体有本质区别，封闭抗体是无特异性的东西，真假难辨；抗胚胎抗体是特异性的诊断措施，基因疫苗和淋巴 疗法也是不同的，抽血貌似一样，一个细胞水平，一个是分子水平。
中医认为本病多属肾气不足，冲任不固所致，宜在未孕之前补肾健脾，固气养血，进行调治。具体的方药可用补肾固冲丸。每次６－１０克，一日三次，月经期停服，以２个月为一个疗程，可服１－３个疗程。
对于子宫内口松弛所致之妊娠晚期习惯性流产，一般在孕前做宫颈埋箍术治疗，维持妊娠至后期甚至足月。