一般先心病极少有自然恢复的，大多数都应该早期施行先心病手术治疗。有的则随着年龄的增大，并发症会渐渐增多，病情也逐渐加重。即使没有症状，也不要迟疑。若不治疗，有的并发内膜炎、栓塞、出血、高血压，危及生命。因此，先心病手术的最佳时间应该根据患儿的具体病情而定。

最常见的先天性心病室间隔缺损、房间隔缺损、动脉导管未闭等，其手术的时间要视缺损的大小而定，如缺损大，分流量大，肺充血严重，经常伴有心衰、肺炎等并发症，肺动脉高压较重，应及早手术，手术可在婴儿期（1岁以内）甚至新生儿期内进行。

对紫绀型先心病，如法洛四联症、肺动脉闭锁等，如有缺氧严重，也应在婴儿期手术（1岁以内），不符合&条件的患儿则先作姑息性手术以挽救生命。对于严重的心血管畸形，如完全性大动脉转位合并肺动脉高压、完全性肺静脉异位引流、共同动脉干、主动脉弓中断等少见复杂畸形，更应尽早争取手术（可以在出生后数小时内进行）。