未处理前期，造血干细胞移植患者饮食应富含高蛋白、高维生素的饮食，比如猪肉、牛肉、鱼肉、排骨、新鲜蔬菜、水果等。饭菜要新鲜，水果、蔬菜要干净，不要食用富含油脂的食物。

准备处理及移植后前期，饮食应清淡、少渣、易消化和少刺激性的食物，应不要迟过于油腻、粗糙、带刺、辛辣的食物，不然会损伤口腔和消化道粘膜。发生口腔溃疡时饮食要以半流食、流食为基础，如菜粥、牛奶、豆浆、面条等。

等到了移植中后期，慢慢增加进食量，添加高蛋白、高维生素、富含营养食物的摄入，比如鸡蛋、牛肉、羊肉、芹菜等，但是不可以吃不好消化消化吸收的食物，例如烤鸭、油炸、烧烤的食物，要多吃水果、蔬菜，仍需严格注意饮食卫生。