造血干细胞移植，是病患首先接受很大剂量放疗或化疗（通常是致死剂量的放化疗），有时合并其他免疫抑制药物，以消除体内的肿瘤细胞、异常克隆细胞，然后再输回采自身或者他人的造血干细胞，重新建造正常造血和免疫功能的一种治疗手段。所以科学地讲，造血干细胞移植是一种内科治疗手段，而不是手术性质。曾有媒体报道造血干细胞移植时，总会谈到‘手术’二字，可能是想煽动该气氛，吸引一些读者注意，但这样更容易误导群众对造血干细胞移植的了解。

造血干细胞移植有多种分类方法。造血干细胞来源于自身或他人，会分为自体造血干细胞移植和异体（又称异基因）造血干细胞移植，这其中异基因造血干细胞移植又参照供者与病患有没有血缘关系分为血缘关系供者造血干细胞移植和无血缘关系供者造血干细胞移植（即无关移植）；按照移植物种类分为外周血造血干细胞移植、骨髓移植和脐带血造血干细胞移植。

自体造血干细胞移植时造血干细胞来自于本身，才不会发生移植物排斥和移植物抗宿主病，移植并发症少，但是没有提供者来源限制，移植相关死亡率较低，移植后生活质量好，但是因为缺乏移植物抗肿瘤作用以及移植物中可能混有残留的肿瘤细胞，其中复发率很高。异基因造血干细胞移植时造血干细胞来源于正常供者，无肿瘤细胞污染，且移植物有免疫抗肿瘤效应，复发率也是很低的，长期无病生存率（也可以理解为治愈率）高，适应证较广，尤其是某些疾患惟一的治愈方法，但供者来源受限，容易产生移植物抗宿主病，移植并发症多，由于移植相关死亡率高，患者要长期使用免疫抑制剂，长期生存者生活质量可能较差。