除去麻醉导致的风险之外，人工耳蜗植入手术的风险与其他耳鼻喉科常见中耳手术并无差异。从理论上来讲，手术中有一定的风险可能损伤面神经。但如果解剖结构正常，手术医师经验丰富，那么这种风险将会很低。如果患者耳蜗严重畸形同时合并内听道底骨质缺损，则有可能发生脑脊液漏。另外术后可能出现的风险是耳鸣和发生眩晕。